El CEI es producto de una alianza entre el ESTADO, la INDUSTRIA y la ACADEMIA, representada por el Ministerio de Industria, Energía y Minería (MIEM), la Universidad de la República (UdelaR), la Cámara de Industrias del Uruguay (CIU) y, a partir de 2018, la Agencia para el Desarrollo (ANDE). El desarrollo del CEI ha sido apoyado por la Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII) con dos proyectos consecutivos.

El CEI está dirigido por un Comité Directivo Interinstitucional, compuesto por un delegado de cada una de las instituciones que lo conforman: MIEM, ANDE, CIU y UdelaR. Dicho Comité Directivo define las orientaciones estratégicas del CEI y supervisa su cumplimiento.

El CEI desarrolla sus operaciones con un equipo de profesionales (7 hasta 2018 y 9 a partir de 2019) de varias disciplinas y cuenta con el apoyo ad hoc de un grupo de consultores fidelizados al CEI.

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