En el periodo 2014-2018, la construcción y operación del CEI fueron financiadas por sus socios institucionales y por dos proyectos consecutivos de la ANII, de acuerdo al siguiente esquema:

- El MIEM financió los sueldos de los 7 profesionales de la unidad operativa. Desde mediados de 2018, ANDE financia los honorarios de un facilitador adicional.

- La ANII financió la contratación de los consultores para los diagnósticos y planes de acción empresariales, así como para otras actividades de apoyo a las Pymes, hasta fines de 2018.

- La CIU proveyó las oficinas del CEI y servicios conexos, así como su personería jurídica para poder contratar a los consultores (el CEI no tiene personería jurídica). También cofinanció el desarrollo del portal del CEI en 2017 y una quincena de diagnósticos a empresas en 2018.

- La UdelaR aportó horas/hombre de investigadores en función de necesidades específicas y ha sido el ejecutor de los fondos aportados por el MIEM.

Los siguientes cuadros dan cuenta de los montos ejecutados por fuente de financiamiento:

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